Em 2089 uma equipe de cientistas viajam através da nave Prometheus até um planeta distante com base nas escavações de Elizabeth Shaw (Noomi Rapace) e Charlie Holloway (Logan Marshall-Green) em cavernas, que encontraram padrões nos desenhos que aparentemente apontam para um lugar específico do Universo, de onde extraterrestres podem ter partido para criar a vida humana na Terra.